प्रत्येक स्वायत्त महाविद्यालयात नियामक मंडळ, शैक्षणिक परिषद, अभ्यास मंडळ आणि वित्त समिती या चार वैधानिक संस्था असणे यूजीसीच्या नियमांप्रमाणे अत्यावश्यक आहे. नियामक मंडळात इतर सदस्यांसह दोन सर्वांत ज्येष्ठ शिक्षकांची नियुक्ती आवश्यक असते. मात्र पेंढरकर कॉलेजमध्ये मान्यता नसलेल्या शिक्षकांना या मंडळावर नेमले आहे. या आणि अशा अनेक नियमभंगांची जंत्री एमयूएसटीने मुंबई विद्यापीठाला पाठवलेल्या पत्रात लिहिली आहे. तीन वर्षांपूर्वी मुंबई विद्यापीठाची स्वायत्तता घेतल्यापासून प्रचंड गोंधळ सुरू असल्याने डोंबिवलीच्या के. व्ही. पेंढरकर कॉलेजची स्वायत्तताच रद्द करावी, अशी मागणी महाराष्ट्र युनियन ऑफ सेक्युलर टीचर्सने (एमयूएसटी) केली आहे. या कॉलेजने स्वायत्तता मिळाल्यानंतर विद्यापीठ अनुदान आयोगाचे (यूजीसी) अनेक नियम धाब्यावर बसवले असून त्यामुळे विद्यार्थी व शिक्षक या दोघांचीही प्रचंड अडचण झाली आहे. परिणामी त्यांच्यावर कठोर कारवाई करावी, अशी मागणी करणारे पत्र एमयूएसटीने मुंबई विद्यापीठ आणि यूजीसी यांना पाठवले आहे.
स्वायत्त महाविद्यालयांमधील शिक्षक आणि प्राचार्य यांची नियुक्ती यूजीसीच्या २०१८ च्या आणि त्यानंतरच्या नियमावलीप्रमाणे करावी, असा नियम आहे. मात्र २०२४ मध्ये पेंढरकर कॉलेजमधीलच एका शिक्षकाला प्राचार्यपदी नेमण्यात आले असून या शिक्षकाला मुंबई विद्यापीठाचीही मान्यता नाही, असा आरोप एमयूएसटी या संस्थेने केला आहे पेंढरकर कॉलेजने (K. V. Pendharkar College of Arts, Science and Commerce २०२३ – २४) या वर्षात पीएचडी करत असलेल्या विद्यार्थ्यांचे संशोधन थांबवले. या विद्यार्थ्यांना आता संशोधन करण्याची परवानगी नसून बॉटनी, केमिस्ट्री, फिजिक्स, झुलॉजी आणि अकाउण्टन्सी या पाच विषयांमध्ये नवीन पीएचडी विद्यार्थ्यांना प्रवेशही नाकारला आहे. यूजीसीच्या नियमाप्रमाणे पीएचडी कार्यक्रम राबवणे अनिवार्य असताना कॉलेजने मनमानी करत हे पाऊल उचलल्याचा ठपका या पत्रात ठेवला आहे. राज्य सरकारकडून मिळणारा निधी नाकारत विश्वस्तांनी हे अनुदानित कॉलेज विनाअनुदानित करण्याचा प्रयत्न कोणतीही परवानगी न घेता चालवला आहे, असे यात म्हटले आहे.प्रत्येक स्वायत्त महाविद्यालयात नियामक मंडळ, शैक्षणिक परिषद, अभ्यास मंडळ आणि वित्त समिती या चार वैधानिक संस्था असणे यूजीसीच्या नियमांप्रमाणे अत्यावश्यक आहे. नियामक मंडळात इतर सदस्यांसह दोन सर्वांत ज्येष्ठ शिक्षकांची नियुक्ती आवश्यक असते. मात्र पेंढरकर कॉलेजमध्ये मान्यता नसलेल्या शिक्षकांना या मंडळावर नेमले आहे. या आणि अशा अनेक नियमभंगांची जंत्री एमयूएसटीने मुंबई विद्यापीठाला पाठवलेल्या पत्रात लिहिली आहे